कहा जाता है कि मनेर में पहले एक रक्षा-दुर्ग भी था। परंपरा से कहानी चली आती है और चट्टानों पर खुदे लेखों से भी साबित होता है कि इतिख्तयारूद्दीन मोहम्मद बिन बख्तियार की लड़ाई के बहुत पहले मनेर तुर्कों के कब्जे में था। इतिहास कहता है कि अरब के फकीर हजरत मोमिन को मनेर के राजा ने बहुत सताया तो वह मदीना वापस चले गए और येरुशलम के हजरत नाज फकीह के सेनापतित्व में दरवेशों की एक फौज लेकर मनेर लौटे। राजा हार गया और 576 हिजरी यानी सन् 1180 में खुदा के बंदों ने किले पर अधिकार जमा लिया। मनेर के उत्तर-पूर्व कोने पर अब भी ऊंचा गढ़ है। वही राजा का किला था।
मनेर में इस समय दो दरगाह हैं, बड़ी और छोटी। बड़ी दरगाह बिहार के मुसलमानी धर्म-स्थानों में सबसे ज्यादा पवित्र गिनी जाती है। इसमें महान सूफी संत हजरत मखदूम यहिया मनेरी की कब्र है। मखदूम साहब सन् 1291 ई. में मरे थे। वह हजरत ताज फकीह के पोते थे। बिहार के मुसलमान संतों के वह प्रमुख थे। देश के मुसलमान फकीरों में उनका नाम आज भी बड़े अदब से लिया जाता है।
बड़ी दरगाह के दक्षिण में ताजुद्दीन खंडगाह साहब की मजार है। वे महमूद गजनी के भतीजे थे। दरगाह के उत्तरी फाटक पर सिंह शार्दूल है। एक सिंह एक हाथी को अपने चारों पंजों से दबोचे हुए है। यह मध्ययुग की मूर्त है। कहा जाता है कि सुलतान सिकंदर लोदी भी किसी समय इस दरगाह का दर्शन करने आए थे। यह जगह इतनी पाक (पवित्र) मानी जाती थी। छोटी दरगाह में शाह दौलत का मकबरा है। शाह दौलत हजरत शाह यहिया के खानदान के थे। यह बड़ी खूबसूरत इमारत है। समूची दरगाह चुनार के सुंदर पत्थर से बनी है। यह बिहार के मकबरों में सबसे बढ़-चढ़ कर है। दरगाह एक चौकोर ऊंचे चबूतरे पर बनी है। इसका कमरा गोल है और चारों तरफ बरामदा है। बरामदे की ऊंची छत में बड़ी कारीगरी से फूल-पत्ती और रेखागणित के चित्र से बने हुए हैं और कुरान शरीफ की आयतें भी बड़ी सुंदर रीति से काढ़ी गई हैं। पत्थर की इन नक्काशियों की तुलना प्रसिद्ध फतेहपुर सीकरी की उत्तम से उत्तम नक्काशियों से की जा सकती है। दरगाह के भीतर दोनों तरफ पत्थर के ऊंचे-ऊंचे खंभे हैं। उनके बीच में एक पतली दीवार है और उस पर बड़ी शानदार खड़ी कारनिस बनी हुई है। पांत में ताखे भी बने हुए हैं जिनके मेहराब में पत्थर की ही जालियां हैं जो मन को मुग्ध कर देती हैं। समाधि को साया देता हुआ गुंबद बड़े अनोखे ढंग का है। मखदूम शाह दौलत की कब्र बीच में है, उसके पूरब की ओर उनकी बीवी की है। बादशाह जहांगीर के समय में इब्राहिम खां फतेहजंग बिहार और बंगाल का सूबेदार था। उसी ने इस दरगाह को बनवाया था। मखदूम शाह की कब्र के पांव के नीचे की ओर उसकी कब्र है।
दरगाह के अहाते में ही पश्चिम की तरफ एक मस्जिद है जिसमें गुंबद नहीं है लेकिन उस पर एक लंबी मेहराबदार छत है जो सन् 1619 में बनी थी। दक्षिणी कोने पर जमीन के अंदर कोठरी है। कहा जाता है कि हजरत मखदूम शाह दौलत इसमें बैठकर खुदा का ध्यान करते थे। दरगाह के उत्तर में जो दरवाजा है, वह उसी धज का है जैसा मुगलकाल के आरंभ में बनता था। उसकी छत गुम्बदनुमा है और उसके किनारे पर ऊंची मीनारें हैं। दरवाजे के दोनों तरफ अठपहली मोटी मीनारें हैं जिनमें छत पर जाने के लिए सीढिय़ां बनी हुई हैं। दरवाजा और मीनारों के आगे की ओर जालीदार खिड़कियां और मुम्बजदार सोफे बने हुए हैं जिनसे इसकी शोभा बहुत बढ़ जाती है।
दरगाह के दक्षिण में एक तालाब है जिसका रकबा पांच एकड़ है। इसमें पानी उत्तर-पश्चिम के कोने में सुंरग से आता था लेकिन अब सोन नदी दूर हट गई है, इसलिए सुरंग की राह से पानी अब बरसात में ही आ पाता है। इब्राहिम खां फतेहजंग, जिसने दरगाह बनवाई थी मिर्जा गयास बेग का बेटा था। वह पहले गुजरात में बख्शी बाहाल हुआ था। जब वह नौजवान था, तब मखदूम साहब का चेला हो गया था। वह बिहार और बंगाल का सूबेदार हुआ और सन् 1622 तक रहा। शहजादा खुर्रम के साथ लड़ते-लड़ते वह मारा गया। दरगाह में फारसी अक्षरों में जो शिलालेख है, उसके अनुसार उक्त संत का देहांत सन् 1600 ई. में हुआ था। उस लेख में कहा गया है कि उक्त संत दुनिया के कुत्बों में कुत्ब थे। वह मजहब के नेता थे। सूरज और चांद से ज्यादा तेज वाले थे। उनमें पैगम्बर के सब गुण और चमत्कार भरे थे।
मनेर शरीफ धर्म के नेताओं की कब्रों से भरा पड़ा है। छोटी दरगाह से पश्चिम मखदूम शाह बारन मलिकुल उलमा की कब्र है। ये हजरत शेरशाह सूरी के पीर थे। ढाई कंगूरे की मस्जिद के पास हजरत मोमिन आरिफ की कब्र है और वदखन के तंगूर किलो खां की कब्र भी पास ही में है। मनेर के राजा के राजमहल की मर्दाना बैठक पत्थर के चालीस पायों और एक ही पत्थर की छत का दालान थी। राजा को परास्त करने के बाद हजरत ताज फकीह साहब ने वहीं आराम किया था। कहा जाता है कि राजा के राजमहल के एक दालान में हजरत मखदूम यहिया पैदा हुए थे। वहां एक अनोखी चौकी थी जो काठ के एक ही टुकड़े की बनी थी। इसी चौकी पर बैठकर हजरत मखदूम शरफुद्दीन की मां इबादत किया करती थी। हजरत रूकनुद्दीन मुर्घिलानी चिश्तिया संप्रदाय के सूफी थे जो हजरत मखदूम यहिया के गुरू थे। उनकी समाधि भी वहीं है।
इस विवरण से स्पष्ट है कि मनेर का एक ऐतिहासिक और सांस्कृतिक महत्व रहा है और यह अब नए पर्यटन केंद्र के रूप में विकसित हो रहा है। साथ ही मनेर सर्व धर्म समन्वय का प्रतीक भी बन गया है।